Le Dr Camille Tlemsani de l'équipe génomique et épigénétique des tumeurs rares à l'Institut Cochin nous parle de son projet lauréat de classification génomique des sarcomes osseux rares et des impacts sur la prise en charge thérapeutique des patients.
Quel est le contexte général qui a donné naissance à ce projet ?
Il existe des sarcomes osseux dits « rares » qui représentent moins de 2% des sarcomes osseux mais posent de vraies questions de prise en charge pratique clinique du fait de leur difficulté diagnostique. De plus, il n’existe à ce jour aucune recommandation nationale ou internationale de prise en charge thérapeutique. Il n’est notamment pas établi s’il faut traiter comme des sarcomes osseux ou des sarcomes des tissus mous et le bénéfice de la polychimiothérapie reste incertain chez les patients.
A ce jour, très peu de données concernant la génomique des sarcomes osseux rares sont disponibles dans la littérature. Notre objectif est donc de déterminer une classification moléculaire intégrative multi-omique des sarcomes osseux rares par analyse de l’exome, du transcriptome, des translocations et du méthylome qui permettra de mieux comprendre les déterminants génétiques et moléculaires de cette entité de sarcomes osseux rares. Pour la classification de ces tumeurs, nous utiliserons un algorithme de random forest (machine learning).
Pouvez-vous nous présenter votre projet ?
Nous disposons de 184 échantillons de sarcomes osseux rares à Cochin. Un exome et un RNAseq seront effectués. La technologie d’adaptive sampling de Nanopore sur de l’ADN natif sera employée pour la détermination du méthylome (génome entier) et des réarrangements génomiques. Pour analyser les profils de méthylation, l’algorithme de random forest sera utilisé pour classer les tumeurs au sein des autres sarcomes dont les données sont publiques. Ces résultats seront validés sur notre cohorte et des corrélations cliniques/génomiques seront générées.
En quoi est-ce innovant ?
Le but de notre étude est d’améliorer la prise en charge des sarcomes osseux rares par une approche multi-OMIC s’appuyant sur des technologies innovantes. L’innovation et l’originalité résident dans :
Description de tumeurs très rares
Impact sur la prise en charge des patients
Innovation dans les techniques utilisées
Utilisation de l’intelligence artificielle
Quel peut-être l’impact d’un tel projet sur notre santé et celle de nos proches ?
La caractérisation moléculaire extensive des sarcomes osseux rares de Cochin permettra dans un premier temps d’identifier s’il existe des altérations récurrentes dans ce sous-type de sarcomes. Notre approche permettra également de mieux comprendre la carcinogenèse de ces tumeurs.
L’hôpital Cochin étant centre de référence nationale des sarcomes osseux, la cohorte constituée permettra d’avoir un nombre conséquent d’échantillons en regard de la rareté de ce sous-type tumoral. Il s’agira d’une cohorte pour laquelle nous disposons de toutes les données cliniques pertinentes pour déterminer les caractéristiques cliniques de ces patients ainsi que les corrélations pronostiques et de réponses aux traitements en fonction du profil moléculaire de ces tumeurs. Une meilleure connaissance de la génomique de ces tumeurs permettra d’adapter la prise en charge des patients atteints de sarcomes osseux rares.
Enfin, nous espérons utiliser cette technologie en routine pour l’aide au diagnostic.
Quels sont les bénéfices à court/moyen/long terme sur la (les) population(s) ciblée(s) ?
A court terme, nous possédons les compétences techniques pour la caractérisation extensive de ces tumeurs et l’expertise dans la prise en charge de ces sarcomes. Il s’agira de la plus grande cohorte mondiale de sarcomes osseux rares, caractérisée sur le plan moléculaire.
A moyen terme, l’utilisation d’une technologie innovante pourra être implémentée à terme en routine dans les prises en charge diagnostique au sein du service de génétique de l’hôpital Cochin.
A long terme, une meilleure connaissance de la génomique de ces tumeurs permettra d’adapter la prise en charge des patients. Nous pourrons valider ces résultats sur une cohorte prospective en adaptant le traitement des patients au profil génomique de leur tumeur.
